Le département de Génie Civil a été crée en 1989, transformé en institut en 1992 par le décret ministériel N°92/299 du 07 août 92 puis en département par le décret N°806/806 du 12 décembre 2001, depuis 24/06/2010 est devenu département de génie civil et d’hydraulique par l’arrêté ministériel N°200.

Le Génie Civil représente l'ensemble des techniques de constructions civiles. Les étudiants formés s’occupent de la conception, de la réalisation, de l’exploitation et de la réhabilitation d’ouvrages de construction et d’infrastructures urbaines dont ils assurent la gestion afin de répondre aux besoins de la société, tout en assurant la sécurité du public et la protection de l’environnement. Très variées, leurs réalisations se répartissent principalement dans cinq grands domaines d’intervention: structures, géotechnique, hydraulique, travaux publics, et environnement.

La formation en Hydraulique vise à acquérir aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques dans le domaine de l’Hydraulique en général, les suivis et la coordination des travaux d’hydraulique, la gestion des réseaux d’AEP et d’assainissement, le traitement de l’eau potable et l’épuration des eaux usées.